Antecedentes: La emergencia de resistencia del VIH a la terapia antirretroviral (TARV) puede limitar sus beneficios sostenidos. Objetivo: Vigilancia de la resistencia a la TARV y de la variabilidad genética del VIH-1 en muestras de pacientes cubanos con fallo a la terapia. Diseño del estudio: Este estudio recopiló resultados de las pruebas genotípicas de resistencia de 588 pacientes. La variante genética se determinó mediante la base de datos Rega Subtyping Tool. Las mutaciones y los niveles de resistencia se determinaron usando el algoritmo Rega versión 8.0.2 (1). El análisis estadístico se realizó utilizando el EPIDAT versión 3.0 (2). Resultados: Las mutaciones de resistencia a los inhibidores de la transcriptasa inversa análogos de nucleósidos (ITIAN), no análogos de nucleósidos (ITINAN) y a los inhibidores de la proteasa (IP) estuvieron presentes en el 83.5%, 77.4% y 52.0% de las muestras respectivamente. Se detectó resistencia completa a una clase de droga en el 25.0%, 33.7% y 11.4% de las muestras a los ITIAN, ITINAN y a los IP respectivamente. La multidrogorresistencia estuvo presente en el 6.3% de los casos. Las formas genéticas más prevalentes fueron el Subtipo B (32.5%), los recombinantes BG (19.6%) y el CRF19_cpx (16.2%). La distribución de subtipos no cambió significativamente en el periodo estudiado excepto por los recombinantes BG con un incremento del 12.2% al 21.3% (p=0.002). Conclusiones: La prevalencia de mutaciones, los niveles de resistencia a la TARV y la variabilidad genética son elevados, indicando la necesidad de utilizar TARV más potente en primera y segunda línea de tratamiento.